Read data from a file and Write a set of X lines for Y times until end of data

If you insert the highlighted lines, then that should generate the necessary empty lines:

            while(true) // infinite loop
            {
               // read next batch of 9 or whatever's left in file
               while (counter < 9  && (line = sr.ReadLine()) != null)
               {
                  temp[counter] = line;
                  counter++;
               }

               // write 27 times to file
               for (int x = 0; x < 27; x++)
               {
                  for (int i = 0; i < counter; i++)
                  {
                     sw.WriteLine(temp[i]);
                  }

                  if (counter < 9) 
                  {
                     for (int i = counter; i < 9; i++)
                     {
                       sw.WriteLine();
                     }
                  }    
               } 

               if (counter < 9) break; // can't be any more lines left in file

               Array.Clear(temp, 0, 9); // clear array for next batch of 9
               counter = 0; // clear counter
            }

            sr.Close();
            sw.Close();
         }